《不一样的美男》围绕着泰国一所男校的高一13班全体师生展开，故事开始于新学期，学校主任决定创建一个有着全新教学模式的实验班，一旦新模式成功，将会在全校推广。主角们所在的高一13班，正是有着特别教学计划的“特殊班级”。不仅如此，13班的特别之处还在于其中9名性格迥异的人妖，还有各式各样颜值颇高的帅哥。他们之中，有人渴望父母的关心，有人烦恼于同性之爱，有人苦苦单恋。Jet对同班的New抱有好感，Wut...

在高一整年的时间里，特殊班级高一13班发生了许许多多的故事。人妖女生们从宫斗撕逼到姐妹情深齐心协力为SO和PAT申请助学金；MAX转学离开，又迎来了1班转来的高材生VN；BOSS在PEET面前承认了和MAX姐姐的情侣关系，PEET的音乐梦想也开始得到了父亲的支持；兜兜转转，一直不愿意面对自己真实心情的JET终于在最后选择了向NEW坦承自己的心意并表示会努力对NEW好，两个人的关系似乎开始有了曙光；...