故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。...

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。...

因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。 　　从向日葵星...

某天，小新（矢島晶子 配音）闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（愛河里花子 配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良...

某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。 　　跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来...

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。 　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体...

某日，小新（矢岛晶子 配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界库莱顿的大门已经打开，若小新再不行动，整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。 　　果不其然，美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）接连遭遇不幸，这说明，黑暗的力量变得越来越...

小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！...

双叶幼儿园的游园会快到了，往年都会在游园会里跳春日部舞，但今年松阪老师却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永老师和上尾老师的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼儿园里，吉永老师却不同前一晚的态度，大力向园长建议游园会上应该跳热情的森巴……...

突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲，不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界。怪兽出现3分钟后。3分钟后的未来那个怪兽不被打倒,在现实里怪兽要出现！为了抵御世界灭亡，野原一家担任了地球防卫这个重大使命。但是，连续不断强大的怪兽从后边开始出现，渐渐现实世界变得危险…...