突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的...

1983年，遭到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中 在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。 有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。 但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァル...